Le second Irkut MC-21 a débuté ses essais en vol, réalisant son baptême de l'air presqu'un an après le premier vol du premier exemplaire de l'appareil biréacteur (effectué de son côté le 28 mai 2017). MC0003, immatriculé 73053 a ainsi fait son premier vol d'une durée d'une heure et sept minutes, décollant d'Irkoutsk le 12 mai 2018. 

L'appareil a effectué une série d'essais basiques, parmi lesquels figuraient la rétraction de train d'atterrissage, des essais de stabilité et de configuration voilure.  L'appareil a évolué à une altitude maximale de 3 000 m (10 000 pieds) et à des vitesses n'excédant pas les 215 noeuds (298,1 km/h).

Les deux MC-21-300 désormais aux essais sont motorisés l'un et l'autre par des turboréacteurs Pratt & Whitney PW1400G. Un troisième appareil est de son côté entièrement dédié aux essais statiques.