L'Onera s'organise différemment depuis le 1er mars. Baptisé "Nov'Onera", le projet de nouvelle organisation est la conséquence du contrat d'objectifs et de performance signé en décembre 2016 par Jean-Yves Le Drian, ministre de la Défense; et Bruno Sainjon, président de l'Onera. Objectifs : "développer l'excellence scientifique de l'Onera au service des enjeux sociétaux et industriels, rendre l'Onera plus efficace, revitaliser le rayonnement et l'intégration de l'Onera au sein de son environnement".

D'où la création de trois directions de programmes : défense, aéronautique civile et espace. De même, le nombre des départements scientifiques est réduit de 17 à 7. Ces derniers sont désormais : Aérodynamique, aéroélasticité, acoustique; Matériaux et structures; Multi-physique pour l'énergétique; Electromagnétisme et radar; Optique et techniques associées; Physique, instrumentation, environnement, espace; Traitement de l'information et systèmes.